आयएएस अधिकाऱ्याची परिक्षा उत्तीर्ण होत पुणे जिल्हाधिकारी कार्यालयात प्रोबेशनरी आयएएस अधिकारी म्हणून कार्यरत असताना पूजा खेडकर यांच्याबाबत काही वादग्रस्त माहिती पुढे आली. त्यामुळे प्रोबेशनरी आयएएस अधिकारी पूजा खेडकर यांची उर्वरित प्रशिक्षण कालावधी पूर्ण करण्यासाठी वाशिमला बदली करण्यात आली. मात्र पूजा खेडकर यांच्याबद्दल विविध माहिती पुढे येऊ लागल्याने अखेर लाल बहाद्दूर शास्त्री प्रशिक्षण केंद्राकडून खेडकर यांचे प्रशिक्षण स्थगित करत त्यांना प्रशिक्षण केंद्रात हजेरी लावण्याचे निर्देश दिले.
त्यातच केंद्रीय लोकसेवा आयोगाचे अध्यक्ष मनोज कुमार सैनी यांनी आपला पाच वर्षाचा कालावधी पूर्ण होण्याच्या आतच अध्यक्ष पदाचा राजीनामा दिला. त्यामुळे मनोज कुमार सैनी आणि पूजा खेडकर प्रकरणाचा संबध एकमेकांशी जोडण्यात येऊ लागले. त्यातच केंद्र सरकारने पूजा खेडकर यांच्या अंपगत्व प्रमाणपत्र, क्रिमीलेअरचे प्रमाणपत्र तसेच ओबीसी जात प्रमाणपत्र आदींवर विविध प्रश्नांची चौकशी करण्यासाठी समितीची स्थापनाही करण्यात आली.
तसेच युपीएससी परिक्षा उत्तीर्ण झाल्यानंतर पूजा खेडकर यांना दिल्लीच्या एम्स रूग्णालयात मेडिकल चेक अपसाठी अनेकदा पाचारण करण्यात आले. मात्र पूजा खेडकर या एम्स मध्ये मेडिकल चेक अपसाठी गेल्या नाहीत. त्यातच पूजा खेडकर यांनी त्यांचे अपगंत्वाचे प्रमाणपत्र प्राप्त करण्यासाठी शासकिय जिल्हा रूग्णालयाऐवजी सुरुवातीला पिंपरी चिंचवड महापालिकेच्या यशवंतराव चव्हाण रूग्णालयातून अपंगात्वाचे प्रमाण पत्र प्राप्त करून ते अहमदनगर येथील रूग्णालयात सादर करून अधिकचे प्रमाणपत्र मिळवले असल्याचा आरोप करण्यात आला.
त्यानुसार पूजा खेडकर हिच्या अंपगत्व प्रमाणपत्राची चौकशी सुरु झाली. या चौकशीत पूजा खेडकर ला दिलेले ७ टक्के लोकोमोटर अंपगत्व प्रमाणपत्र मिळविण्यासाठी कोणतेही चूक नसल्याची माहिती पुढे आली आहे. यासंदर्भात द हिंदू या इंग्रजी दैनिकाच्या संकेतस्थळाने यासंदर्भात वृत्त विश्वसनीय सूत्रांच्या हवाल्याने दिले.
आयएएस प्रोबेशनर पूजा खेडकर यांना ७% लोकोमोटर अपंगत्व प्रमाणपत्र जारी केलेल्या पुण्याजवळील शहरी रुग्णालयाने त्यांच्या अंतर्गत तपासणीत असे आढळून आले आहे की कागदपत्र नियमांनुसार होते आणि ते जारी करताना कोणतीही चूक झाली नाही, असे एका वरिष्ठ अधिकाऱ्याने सांगितले.
पुणे शहराजवळील पिंपरी चिंचवड महानगरपालिका (PCMC) द्वारे संचालित यशवंतराव चव्हाण स्मृती (वायसीएम) रुग्णालयाने ऑगस्ट २०२२ मध्ये खेडकर यांना प्रमाणपत्र जारी केले होते.